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基因组序列8-mer频次使用规律及与物种进化的关系

来源:酒旗网  作者:酒小旗   2023-07-02 阅读:272
基因组序列k-mer的非随机使用规律及包含的生物学意义一直是人们关注的问题,目前还没有根本性进展。本文以七个物种的全部基因序列为样本,得到各物种基因组序列的8-mer频谱分布。发现狗和牛的频谱有三个峰,而斑马鱼、青鳉鱼、秀丽线虫和酿酒酵母的频谱只有一个峰,鸡的频谱分布形状介于两者之间。将8-mer集合按照XY二核苷含量分类,结果显示只有CG二核苷分类下0CG、1CG和2CG三类子集的频谱形成各自独立的单峰分布。对照随机序列,发现0CG模体是随机进化的,1CG和2CG模体是定向进化的,它们的使用频次远小于随机频次,且这种独立进化分离规律具有物种普适性。三个CG子集频谱之间的距离是产生单峰或多峰现象的根本原因。将七个物种基因组序列标准化到109 bp,比较发现1CG和2CG子集频谱与物种进化显著相关,0CG子集频谱与物种进化无显著关系。可以认为三种CG模体各自执行着不同的生物学功能。基因组序列8-mer的独立分离规律为揭示基因组结构、基因组进化以及模体的生物功能提供了一种新的思维方式。
以重庆市主栽的6个不同品种糯高梁为材料,对其理化指标、淀粉颗粒形态和特性进行了检测.结果表明:6种糯高粱含水量主要在12%左右,无明显差异;颜色较深的沪糯8号、3307A/R874,单宁含量较高,而渝梁糯2号和Tx623A/R870由于颜色较浅,其单宁含量最低;蛋白质含量为7.35%~9.35%;粗脂肪含量在3.57% ~5.24%;6种糯高粱的支链淀粉含量都远高于直链淀粉含量,但其比例有较大差异;6种淀粉颗粒形态相似,为不规则形和球形;糯高梁淀粉为A-型结晶淀粉,其相对结晶度在30%左右,其中沪糯8号与3307A/R874的结晶度较高,Tx623 A/R870最低;糊化性质研究显示,支链淀粉含量较高的沪糯8号和3307A/R874的峰值黏度相对较高,回生值相对较小.因此,从淀粉组成和其性质来看,沪糯8号及3307A/R874酿酒品质较好.
采用PCR技术从S.cerevisiae TCCC 31012菌株的染色体DNA中扩增得到S-腺苷甲硫氨酸合成酶-2基因(sam2),将sam2克隆到酿酒酵母表达载体pACT2的强启动子PADHI控制下,以构建高效表达质粒,并在酿酒酵母亮氨酸缺陷型茵株YS58中表达.重组质粒经鉴定含有sam2基因.工程菌YS58-2表达产物经SDS-PAGE,结果显示重组菌S-腺苷甲硫氨酸合成酶的分子质量约为43ku,经凝胶电泳扫描,表达带约占菌体总蛋白的14%.YS58-2菌株培养72 h的SAM合成酶活力为16.5 U/mg茵体蛋白,较出发菌S.cerevisiae TCCC 31012提高了40.3倍,较受体菌YS58提高了32倍.
啤酒酵母主要生长在偏酸性、含糖较丰富的环境中,在其传代培养过程中会有一部分酵母死亡,甚至产生自溶.传代培养过程中不可能完全防止酵母细胞的自溶,只能控制酵母细胞自溶的限度.通过观察不同pH、装液量、酵母浸膏浓度、葡萄糖浓度、麦芽汁、紫外线照射、温度因素对啤酒酵母传代培养的影响,确定酵母菌的最佳培养方式及各影响因素的最佳值.优化后的啤酒酵母传代培养条件为:pH为5.0,温度为30 ℃,接种量为100 mL/L,葡萄糖浓度50 g/L,酵母浸膏浓度2.0 g/L,装液量以小于60%为宜,以增加摇瓶内的溶氧量.此外,增加摇床转速也可提高摇瓶的通气量,以40 r/min较为理想.转接酵母前,过滤去除麦芽汁培养基中析出的冷凝固物.传代培养过程中应避免紫外线辐射,以减少酵母细胞衰老、死亡及自溶的概率.
本实用新型公开了一种白酒醇化装置,包括罐体、低醇化器和高醇化器,所述罐体的上端设有漏斗状进酒口,罐体的下端的两侧分别连通有第一出酒管和第二出酒管;所述第一出酒管和第二出酒管上均设有开关阀,所述第一出酒管与其下部的低醇化器相连通,所述第二出酒管与其下部的高醇化器相连通;所述低醇化器的出液口与其下部的第一储酒罐相连通,所述高醇化器的出液口与其下部的第二储酒罐相连通;所述第一储酒罐与高醇化器之间设有分液管道,所述分液管道上安装有计量提升泵。本实用新型克服传统技术需要时间长和安全性差等缺陷,从而能快速提高酒类的品质和口感,同时对于低级别的白酒还可以提高醇化效果。
目的:对比分析住院的4种常见非感染性肝病患者的临床特征及近10年来的变化趋势。方法采用 SPSS18.0软件对近10年收治的12508例各种非感染性肝病患者的临床特征及变化趋势进行对比分析。结果酒精性肝病和自身免疫性肝病患者较多,分别占非感染性肝病患者的35.1%和32.1%;住院的酒精性肝病、药物性肝损伤和自身免疫性肝病患者占总的住院肝病患者的比例逐年上升,10年间分别上升了2.4倍、2.3倍和2.1倍;酒精性肝病和非酒精性脂肪性肝病患者男性占绝大多数,分别为97.7%和77.7%,而自身免疫性肝病和药物性肝损伤患者女性占绝大多数,分别为84.3%和57.9%(P<0.01);自身免疫性肝病患者平均年龄为(47.6±10.6岁),非酒精性脂肪性肝病患者平均年龄为[(35.9±14.1)岁,P<0.01],酒精性肝病和药物性肝损害患者年龄分布集中在40~49岁,分别占37.1%和25.0%,而自身免疫性肝病和非酒精性脂肪性肝病患者年龄分别集中在50~59岁和30~39岁,分别占33.7%和25.3%(P<0.01)。结论住院的非感染性肝病患者占住院肝病患者的比例在不断上升,须重视该类疾病的诊治,加强早期干预。

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